君录（上海）生物医药科技有限公司（简称"君录生物医药"）自研第三代虚拟细胞世界模型，方向为心血管。训练数据来自两类自有实验：临床原代细胞扰动与多疾病动物模型体内扰动，并整合100+ 例三处配对队列的多组学资产。第一版模型的目标是在留出扰动集上优于线性基线、跨模态投影自洽、支持两步推演。
代际按模型能回答的问题划分；能回答什么，由训练数据决定。
训练数据是观测数据，没有任何扰动。模型学的是细胞长什么样：类型、状态、哪些基因一起变。scGPT、Geneformer、CellPLM 等十余个模型已开源。
训练数据是永生化细胞系上的大规模筛选，条件可重复、通量高。模型学的是细胞系被干预之后，单步发生什么变化。Tahoe-100M 已到 1.006 亿细胞、17,813 个条件。
训练数据是临床原代细胞的扰动，状态统一、动作条件化。模型要回答的是：疾病态的细胞，连着几次干预会怎么走。
第三代要回答的，是病人身上的事。
这条路线还有下一站：虚拟组织与虚拟器官。单个细胞怎么变，细胞模型能答一部分；细胞之间怎么一起变，要由组织层面的模型回答。这一站以组织级的连续扰动数据为起点，起点在现在这一代。
这三条要同时具备，才谈得上真实组织里的规律。
| 变量 | 在体内是什么样 | 体外能做到什么 |
|---|---|---|
| 组织上下文 | 细胞嵌在组织里，受邻居细胞、基质与免疫细胞共同约束 | 单型纯培养，条件可控可重复 |
| 疾病状态 | 病人细胞带着病程、用药史与个体差异 | 无病程、无用药史 |
| 时序累积 | 干预是连续的，后一步作用在前一步的结果上 | 单次给药，单点读取 |
这三条在临床原代细胞与组织层面的测量里同时具备。
三条之中，时间是我们这一代要建模的对象。模型要回答的是：连续几次干预之后，状态怎么走。
体外数据的主体是永生化细胞系；上面三条，取自临床原代细胞与组织层面的测量。
两类数据互为补充：细胞系给广度，原代与体内给真实度。
心血管的原发病理落在组织层面，而真实心血管组织的扰动数据供给有限。
全球心血管病现患 6.26 亿人，年死亡 1,920 万，是全球第一死因。心血管占全球新开临床试验的 5%，肿瘤为 41%。
原代细胞不可替代。心肌细胞与血管内皮、平滑肌的原代细胞难以长期培养和传代。真实状态下的干预响应，取自原代细胞。
病理发生在细胞之间。心血管的原发病理落在细胞互作上，例如成纤维细胞与免疫细胞之间的串扰。单型培养里没有这些邻居，也就没有这些信号。
数据按患者配对。同一患者的心脏组织、配对血液与粪便三处取自同一供体，疾病态、循环信号与肠道菌群落在同一个个体上。
垂直强化的含义：细胞情境、疾病背景与动作空间收在心血管这一域内。
取样、扰动、读数、结构化四段，都已接通。
| 资产 | 状态 | 规模与内容 |
|---|---|---|
| 临床队列 | 已建成，持续采集 | 100+ 例。心脏组织、配对血液、粪便三处同批采集 |
| 已入库数据 | 已测序入库 | 60+ 例、1,000万+ 细胞。覆盖单细胞转录组、单核转录组、单细胞 ATAC、空间转录组、蛋白组、免疫组库六类 |
| 疾病动物模型 | 五类已建成 | 缺血再灌注、主动脉缩窄、慢性间歇性缺氧、急性窒息、氯化钙-乙酰胆碱 |
| 数据基座与分析平台 | 已可生产使用 | 细胞星图 HeCellAstra 负责公共数据入库与标准化；IntelliCytoPilot（ICP）负责分析流程编排与留痕 |
| 分子设计与筛选 | 已具备 | 分子对接、虚拟筛选、生成式分子设计、成药性预测 |
六类数据覆盖转录、染色质、空间与蛋白四个层面，构成组织级模型的观测面。
四段接通的含义是：模型一旦训出来，靶点可沿同一条链接到分子。
第一版模型的能力范围有明确边界；边界之外的部分是路线，不是已有成果。
模型的价值在于把「打了会怎样」先算一遍，让湿实验按预测排序做。算得准不准，最终由留出集与实验两头核对。
是。君录生物医药自研第三代虚拟细胞世界模型，方向为心血管。训练数据来自公司自建的临床原代细胞扰动与动物体内扰动，并整合已有队列的多组学资产。
两部分。公开扰动数据用于预训练，公司自产的体外与体内扰动数据用于精调；队列的六类多组学资产作为模型的观测输入。
公开扰动数据用于预训练，学扰动的一般规律；公司自产的体外与体内扰动数据用于精调，学真实组织里的响应。两类数据分工不同，不互相替代。
第一版模型是路线上的第一个交付目标，不是既有成果。数据侧已经建成的是：100+ 例三处配对队列、五类心血管疾病动物模型、数据基座与分析平台，以及按 14 天窗口排批的产线设计。
客户委托的数据归客户。进入训练集的是公司自建数据集：由公司出资、在自有产线上完成的实验。
同一条产线的两种用途。对外交付扰动数据集；公司自建的实验数据进入训练集。两类数据出自同一套取样、扰动、读数与标准化流程。